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MiniPCR portátil analizará ADN ambiental

MiniPCR portátil analizará ADN ambiental

En la imagen: MiniPCR para analizar ADN de cualquier especie. Foto: www.minipcr.com

 

Este nuevo equipo que llega al Laboratorio de Biología Molecular de la Universidad Nacional de Colombia (UNAL) Sede Palmira gracias a la convocatoria The eDNA Collaborative de la Universidad de Washington, servirá para analizar el material genético o ADN de suelos andinos. Se usará por primera vez en la Reserva Forestal de Yotoco.

 

Tomar muestras de ADN en los suelos andinos forestales de Colombia no es tarea fácil para los investigadores, quienes deben enfrentarse a extenuantes jornadas en terrenos difíciles de explorar, desde bosques secos y húmedos hasta páramos y zonas agrestes sin intervención del hombre, situación que puede afectar los resultados de las muestras obtenidas.

 

A estas dificultades se ha enfrentado el biólogo Juan Diego Duque Zapata, candidato a doctor en Ciencias Agrarias de la UNAL Sede Palmira, quien estudia los suelos tanto de los bosques andino y seco tropical como de los páramos del Valle del Cauca, con el propósito de identificar microorganismos y sus aportes a la industria farmacéutica, entre otras áreas.

 

Junto a su equipo de trabajo, el investigador ha identificado más de 700 especies de bacterias y hongos únicos en cada ecosistema, cuyos usos pueden ser un gran aporte tanto para la medicina animal y vegetal como para la farmacología.

 

“Los microorganismos son los organismos menos estudiados porque muchos de ellos no se pueden cultivar, solo entre el 1 al 3 % se cultivan”, explica la profesora Diana Carolina López Álvarez, del Departamento de Ciencias Biológicas y directora de la tesis doctoral del biólogo Duque.

 

ADN de microrganismos de bosques y páramos

 

A partir de este propósito se originó la idea en el Grupo de Investigación Diversidad Biológica (clasificado en A1, la máxima categoría en Minciencias), del que forma parte el biólogo Duque, quien pensó en crear un laboratorio portable, es decir que se pueda llevar a trabajo de campo y analizar el ADN de las muestras en terreno.

 

Así empezó la búsqueda de subvenciones internacionales, aplicó al programa Microgrants de la convocatoria de The eDNA Collaborative de la Universidad de Washington, y fue el único colombiano en ganar, junto con otros 20 investigadores del mundo.

 

Cuando la muestra se colecta debería llegar en corto tiempo al Laboratorio, pero esto no ocurre por la travesía que deben vivir por días los investigadores. Por eso con el miniPCR se espera optimizar la investigación y poder hacer la extracción y amplificación en campo para garantizar resultados óptimos. Este fragmenta el ADN en “muchos pedacitos”, lo que beneficiará el análisis inmediato de las muestras frescas.

“La posibilidad de llevar los equipos a campo hace que el proceso sea mucho más ágil, ya que se toman las muestras más rápido, lo que nos permite estar en un nivel más alto de tecnología en esta área”, señala el profesor Jaime Eduardo Muñoz, director del Grupo de Investigación Diversidad Biológica y codirector de la tesis.

 

La profesora López señala que “como Juan Diego trabaja en ecosistemas que son de difícil acceso y a veces las muestras tomadas en páramos demoran varios días hasta llegar al laboratorio, ahora la ventaja con el miniPCR es que se podrán realizar pruebas preliminares en terreno, lo que garantizará mejores resultados”.

 

Otra buena noticia es que ya se puede hacer secuenciación directamente en los suelos andinos gracias a que el Laboratorio de Biología Molecular también adquirió el MinION, secuenciador del tamaño de un celular con el cual inició la idea de armar un suitcase o maleta de viaje, una tendencia en la que los equipos pequeños se pueden guardar y desplazar a campo para hacer todo el proceso de extracción molecular directamente en terreno.

 

El miniPCR es igual a un termociclador industrial como el que ya tiene el Laboratorio, solo cambia la capacidad de carga: “uno de laboratorio tiene capacidad para hasta 96 muestras, seguramente este tendrá menos de la mitad, pero la calidad y la precisión de los datos es la misma”, explica el investigador.

 

El miniPCR se usará por primera vez en la Reserva Forestal de Yotoco, uno de los puntos de muestreo de la investigación, en donde se harán los primeros ensayos del equipo, ya que tienen que estandarizarlo para llevarlo a ecosistemas más agrestes.

 

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El estudiante Juan Diego Duque, del Doctorado en Ciencias Agrarias, en el Laboratorio de Biología Molecular. Foto: Juan Diego Duque Zapata - Biólogo UNAL.

 

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Investigador en el páramo Las Domínguez, en Tenerife (Valle del Cauca), donde colecta microorganismos.

 

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Recolección de muestras en suelos andinos durante la investigación

 

Publicado: 15/marzo2023



Fuente:
Agencia de Noticias UNAL

Tags de búsqueda: Microbiología, Ciencia, Investigador, Investigación, Actualidad, Biología molecular

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